Aunque el color del pelaje es un fenotipo económico importante en los yaks domesticados, su base genética aún no se comprende completamente. En este estudio, se realizó un barrido selectivo a nivel genómico y se identificaron tramos de homocigosidad de alta frecuencia (ROH) en 50 yaks con diferentes colores de pelaje para investigar los genes candidatos (CDGs) relacionados con el color del pelaje. Los resultados sugirieron que se identificaron 2263 CDGs a partir de las ventanas de interacción del 5% de la relación F y, junto con 2801 y 2834 CDGs de yaks negros y marrones con iHS, respectivamente. Además, se confirmaron 648 y 691 CDGs de yaks negros y marrones, que estaban ampliamente enriquecidos en vías relacionadas con la melanogénesis, la diferenciación de melanocitos y la organización de melanosomas a través del enriquecimiento funcional de GO y KEGG, respectivamente, sobre la base de la intersección de tres parámetros. Adicionalmente, el genoma de los yaks marrones presentó más ROH, fragmentos de ROH más largos y niveles de endogamia más altos que los de los yaks negros. Específicamente, se confirmó que un gran número de genes relacionados con la síntesis y regulación de melanina (por ejemplo, , , y ) de las islas ROH estaban bajo una fuerte selección. En resumen, los resultados de este estudio mejoran la comprensión de la base genética para determinar el color del pelaje de los yaks.