Los rasgos de los granos de maíz representan características agronómicas cruciales que determinan significativamente el potencial de rendimiento. Analizar la base genética de estos rasgos es esencial para la mejora del rendimiento. En este estudio, utilizamos 1283 líneas endogámicas de maíz para investigar tres características relacionadas con los granos: longitud del grano (LG), ancho del grano (AG) y peso de 100 granos (PG100). Realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) sobre tres rasgos relacionados con los granos, lo que resultó en la identificación de 29 SNPs significativamente asociados y seis genes candidatos. Además, recopilamos información sobre loci de rasgos cuantitativos (QTL) para 765 rasgos relacionados con los granos de maíz de 56 estudios, realizamos un meta-análisis de QTL e identificamos 65 meta-QTLs (MQTLs). Entre los 23 MQTLs, encontramos 25 genes funcionales e informamos sobre genes candidatos relacionados con los rasgos de los granos. Identificamos 26 homólogos de maíz en 19 MQTLs utilizando 25 genes que afectan los rasgos del grano de arroz. Comparamos los 29 SNPs significativos detectados con las ubicaciones físicas de 65 MQTLs y encontramos que 3 SNPs significativos estaban ubicados dentro de estos intervalos de MQTL, y otros 10 SNPs significativos estaban en proximidad a estos intervalos, a menos de 2 Mb de distancia, aunque no estaban incluidos dentro de los intervalos de MQTL. Los resultados de este estudio proporcionan una base teórica para elucidar la base genética de los rasgos relacionados con los granos de maíz y avanzar en la selección de mejoramiento asistido por marcadores moleculares.