Las razas de perros representan subpoblaciones caninas con características fenotípicas distintivas y diversidad genética limitada. Hemos establecido un recurso para estudiar la diversidad genética específica de cada raza. Utilizando recursos genéticos dentro de nuestro biobanco de laboratorio, datos de genotipos de dominio público y el marco filogenético de 23 clados de razas, el objetivo principal de este estudio fue identificar regiones genómicas que diferencien la raza Bullmastiff. A través de la aplicación de un análisis de índice compuesto (CSS), se identificaron firmas genómicas en Bullmastiffs en comparación con las razas formativas, Mastines y Bulldogs, y con 22 otros grupos de razas. Se identificaron regiones significativas en 15 cromosomas, siendo las regiones más diferenciadas las encontradas en CFA1, CFA9 y CFA18. Estas regiones pueden reflejar deriva genética tras el establecimiento de la raza o los efectos de la cría selectiva durante el desarrollo del Bullmastiff moderno. Esto fue respaldado por el análisis de genes de las regiones genómicas identificadas, incluyendo 458 genes del análisis multiclado, que revelaron vías enriquecidas que pueden estar relacionadas con rasgos característicos y la morfología distintiva de la raza. El estudio demuestra la utilidad del método CSS en el análisis genómico específico de razas y avanza nuestra comprensión de la diversidad genética en los perros Bullmastiff.