Los cerdos tibetanos son indígenas de la meseta Qinghai-Tíbet y han sido objeto de una extensa investigación genómica centrada principalmente en su adaptación a altitudes elevadas. Sin embargo, las modificaciones genéticas asociadas con su respuesta a la aclimatación a bajas altitudes no se han explorado a fondo. Para investigar la base genética subyacente a la aclimatación a bajas altitudes de los cerdos tibetanos, generamos y analizamos datos de genotipado de cerdos tibetanos que habitan en regiones de alta altitud (altitud promedio de 4000 m) y cerdos tibetanos que han habitado en regiones cercanas de baja altitud (altitud promedio de 500 m) durante aproximadamente 20 generaciones. Encontramos que los cerdos tibetanos de alta y baja altitud tienen variaciones genotípicas y fenotípicas distinguibles. Identificamos 46 y 126 SNPs potencialmente seleccionados asociados con 29 y 56 genes candidatos en cerdos tibetanos de alta y baja altitud, respectivamente. Los genes candidatos en los cerdos tibetanos de alta altitud estaban involucrados en la respuesta inmune y la radiación, mientras que los genes candidatos en los cerdos tibetanos de baja altitud estaban relacionados con la reproducción, el crecimiento y desarrollo, y la regulación de la presión arterial. Estos hallazgos ayudarán a comprender los mecanismos de adaptación ambiental en los cerdos tibetanos y ofrecerán información valiosa para la mejora genética de los cerdos tibetanos en relación con la aclimatación a bajas altitudes y rasgos económicos.