Sudáfrica cuenta con una diversa gama de poblaciones de cerdos, que abarcan razas comerciales criadas intensivamente, así como cerdos indígenas y de aldea criados bajo sistemas de producción de bajo insumo. El objetivo de este estudio fue investigar cómo la selección natural y artificial han moldeado el paisaje genómico de las poblaciones de cerdos sudafricanas muestreadas de diferentes antecedentes genéticos y sistemas de producción. Para este propósito, se utilizaron el puntaje de haplotipo integrado (iHS), así como la homocigosidad extendida de haplotipos entre poblaciones (XP-EHH) y la extensión de Lewontin y Krakauer de la estadística basada en información de haplotipos (HapFLK). Nuestros resultados revelaron varias firmas de selección específicas de población asociadas con los diferentes sistemas de producción. Se destacó la importancia de la selección natural en las poblaciones de aldea, ya que la mayoría de las regiones genómicas bajo selección se identificaron en estas poblaciones. Las regiones bajo selección natural y artificial que causan las huellas genéticas distintas de estas poblaciones también permiten la identificación de genes y vías que pueden influir en la producción y adaptación. En el contexto de las razas comerciales de cerdos criados intensivamente (Large White, Kolbroek y Windsnyer), las regiones identificadas incluían loci cuantitativos (QTLs) asociados con rasgos económicamente importantes. Por ejemplo, los QTLs de carne y canal eran prevalentes en todas las poblaciones, mostrando el potencial de las poblaciones de aldea e indígenas para ser gestionadas y mejoradas para tales rasgos. Por lo tanto, los resultados de este estudio aumentan nuestra comprensión de la intrincada interacción entre las presiones de selección, las adaptaciones genómicas y los rasgos deseables dentro de las poblaciones de cerdos sudafricanas.