Identificación y caracterización de miembros de la familia de factores de transcripción similares a la proteína de unión al promotor SQUAMOSA en y sus perfiles de expresión en respuesta a estrés abiótico
Autores: Wang, Shengshu; Hu, Weiming; Zhang, Xueli; Liu, Yulin; Liu, Fen
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Identificación y caracterización de miembros de la familia de factores de transcripción similares a la proteína de unión al promotor SQUAMOSA en y sus perfiles de expresión en respuesta a estrés abiótico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Factores de transcripción
Familia de genes
Respuestas a estrés abiótico
Identificación genómica
Investigación evolutiva
Patrón de uso de codones.
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
Los factores de transcripción específicos de plantas conocidos como genes de proteínas de unión al promotor SQUAMOSA () son esenciales para el desarrollo, crecimiento y respuestas a estrés abiótico. Aunque la familia de genes ha sido estudiada extensamente en varias especies de plantas, falta una caracterización sistemática en (). Este estudio utilizó datos transcriptómicos y bioinformáticos para llevar a cabo una identificación genómica exhaustiva y una investigación de expresión de la familia de genes. Se identificaron ocho subfamilias que incluyen 73 miembros, la mayoría de los cuales se predice que están localizados en el núcleo. El análisis de la relación Ka/Ks indica que la mayoría de los genes han sufrido selección purificadora. Según la investigación evolutiva, la duplicación segmentaria es un factor importante en la amplificación de la familia de genes. Se encontró que las estructuras de los genes, los motivos conservados y los dominios son altamente conservados entre los parálagos. La investigación de elementos -reveló que puede estar implicado en respuestas hormonales y de estrés abiótico. El análisis del patrón de uso de codones mostró que la familia de genes estaba más inclinada a terminaciones de bases A/T; cuanto mayor es el contenido de A/T, más fuerte es la preferencia de los codones; y el patrón de uso fue principalmente afectado por la selección natural. Además, se encontró que 36 eran objetivos potenciales de miR156. El RNA-seq demostró que los genes en se expresan diferencialmente en respuesta a distintos estresores abióticos. Dos genes (y) fueron implicados en la respuesta al estrés salino, mientras que cuatro genes (, , , y) mostraron respuesta al estrés por sequía, basado en una investigación de qRT-PCR de los genes bajo diversas condiciones de estrés abiótico. Este estudio nos ayudará a obtener una comprensión más profunda de las funciones de y sentar una base genética para la futura cría de variedades de alta calidad y altamente resistentes al estrés abiótico de .
Descripción
Los factores de transcripción específicos de plantas conocidos como genes de proteínas de unión al promotor SQUAMOSA () son esenciales para el desarrollo, crecimiento y respuestas a estrés abiótico. Aunque la familia de genes ha sido estudiada extensamente en varias especies de plantas, falta una caracterización sistemática en (). Este estudio utilizó datos transcriptómicos y bioinformáticos para llevar a cabo una identificación genómica exhaustiva y una investigación de expresión de la familia de genes. Se identificaron ocho subfamilias que incluyen 73 miembros, la mayoría de los cuales se predice que están localizados en el núcleo. El análisis de la relación Ka/Ks indica que la mayoría de los genes han sufrido selección purificadora. Según la investigación evolutiva, la duplicación segmentaria es un factor importante en la amplificación de la familia de genes. Se encontró que las estructuras de los genes, los motivos conservados y los dominios son altamente conservados entre los parálagos. La investigación de elementos -reveló que puede estar implicado en respuestas hormonales y de estrés abiótico. El análisis del patrón de uso de codones mostró que la familia de genes estaba más inclinada a terminaciones de bases A/T; cuanto mayor es el contenido de A/T, más fuerte es la preferencia de los codones; y el patrón de uso fue principalmente afectado por la selección natural. Además, se encontró que 36 eran objetivos potenciales de miR156. El RNA-seq demostró que los genes en se expresan diferencialmente en respuesta a distintos estresores abióticos. Dos genes (y) fueron implicados en la respuesta al estrés salino, mientras que cuatro genes (, , , y) mostraron respuesta al estrés por sequía, basado en una investigación de qRT-PCR de los genes bajo diversas condiciones de estrés abiótico. Este estudio nos ayudará a obtener una comprensión más profunda de las funciones de y sentar una base genética para la futura cría de variedades de alta calidad y altamente resistentes al estrés abiótico de .