Identificación de loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTL) para mecanismos regulatorios específicos de adiposo en Hanwoo (ganado coreano)
Autores: Lee, Junyoung; Jeong, Taejoon; Park, Woncheoul; Jang, Sunsik; Lee, Poong-Yeon; Lim, Dajeong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Identificación de loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTL) para mecanismos regulatorios específicos de adiposo en Hanwoo (ganado coreano)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Mecanismos regulatorios genéticos
Acumulación de grasa
Expresión génica adiposa
Análisis de eQTL
Deposición adiposa
Variantes regulatorias
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
Entender los mecanismos regulatorios genéticos de la acumulación de grasa es crucial para mejorar la calidad de la carne de res. El Hanwoo (ganado nativo coreano) es conocido por su alto contenido de grasa intramuscular (marmoleo), sin embargo, la regulación genética de la expresión de genes adiposos sigue siendo insuficientemente comprendida. En este estudio, realizamos un análisis de loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTL) utilizando datos de RNA-Seq y datos de genotipos de tejido de grasa dorsal de 75 novillos Hanwoo para identificar variantes regulatorias asociadas con la deposición de grasa. Se identificaron un total de 25,042 asociaciones eQTL significativas (FDR < 0.05), y se retuvieron 5362 pares eQTL únicos después de un filtrado por genes. Los genes clave regulados incluyeron , , , y , que están involucrados en la organización del citoesqueleto, el desarrollo muscular y la señalización de calcio. Se localizaron tres principales puntos calientes regulatorios en BTA15 (BTA15:50354741) y BTA21 (BTA21:21526143, y BTA21:21541921). Se realizó un análisis basado en permutaciones (100,000 iteraciones) para controlar los falsos positivos, identificando 12 puntos calientes eQTL estadísticamente significativos (FDR q < 0.05), de los cuales el SNP 6:60512276 y el SNP 21:17035557 exhibieron una extensa actividad regulatoria que influye en 429 y 161 genes, respectivamente. En particular, el SNP 21:17035557 actuó como un centro regulador compartido, indicando un control jerárquico de las redes de genes adiposos. Los análisis de enriquecimiento funcional revelaron una participación significativa de las vías dependientes del citoesqueleto y del calcio, destacando la interacción entre la remodelación estructural y la regulación metabólica en el tejido adiposo. Estos hallazgos proporcionan una visión integral a nivel de sistema de la regulación de genes adiposos en el ganado Hanwoo y destacan candidatos moleculares para la cría asistida por genoma y la cría de precisión. Además, este estudio ofrece recursos genómicos cuantitativos que pueden apoyar el desarrollo de modelos de predicción y sistemas de apoyo a la decisión para mejorar los rasgos de canal en los programas de cría de Hanwoo.
Descripción
Entender los mecanismos regulatorios genéticos de la acumulación de grasa es crucial para mejorar la calidad de la carne de res. El Hanwoo (ganado nativo coreano) es conocido por su alto contenido de grasa intramuscular (marmoleo), sin embargo, la regulación genética de la expresión de genes adiposos sigue siendo insuficientemente comprendida. En este estudio, realizamos un análisis de loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTL) utilizando datos de RNA-Seq y datos de genotipos de tejido de grasa dorsal de 75 novillos Hanwoo para identificar variantes regulatorias asociadas con la deposición de grasa. Se identificaron un total de 25,042 asociaciones eQTL significativas (FDR < 0.05), y se retuvieron 5362 pares eQTL únicos después de un filtrado por genes. Los genes clave regulados incluyeron , , , y , que están involucrados en la organización del citoesqueleto, el desarrollo muscular y la señalización de calcio. Se localizaron tres principales puntos calientes regulatorios en BTA15 (BTA15:50354741) y BTA21 (BTA21:21526143, y BTA21:21541921). Se realizó un análisis basado en permutaciones (100,000 iteraciones) para controlar los falsos positivos, identificando 12 puntos calientes eQTL estadísticamente significativos (FDR q < 0.05), de los cuales el SNP 6:60512276 y el SNP 21:17035557 exhibieron una extensa actividad regulatoria que influye en 429 y 161 genes, respectivamente. En particular, el SNP 21:17035557 actuó como un centro regulador compartido, indicando un control jerárquico de las redes de genes adiposos. Los análisis de enriquecimiento funcional revelaron una participación significativa de las vías dependientes del citoesqueleto y del calcio, destacando la interacción entre la remodelación estructural y la regulación metabólica en el tejido adiposo. Estos hallazgos proporcionan una visión integral a nivel de sistema de la regulación de genes adiposos en el ganado Hanwoo y destacan candidatos moleculares para la cría asistida por genoma y la cría de precisión. Además, este estudio ofrece recursos genómicos cuantitativos que pueden apoyar el desarrollo de modelos de predicción y sistemas de apoyo a la decisión para mejorar los rasgos de canal en los programas de cría de Hanwoo.