El reconocimiento de las dunas submarinas tiene un papel central para garantizar una navegación segura. De hecho, la presencia de estas formas de relieve dinámicas en el fondo marino representa un peligro para la navegación, especialmente en los canales de navegación, y debería ser al menos destacada para evitar colisiones con embarcaciones. Este artículo propone un método novedoso dedicado a la segmentación de estas formas de relieve en el contexto fluvio-marino. Su originalidad radica en el uso de un modelo conceptual en el que las dunas se caracterizan por tres características salientes, a saber, la línea de cresta, el valle de estela y el valle de sombra. La segmentación propuesta implementa el modelo conceptual considerando el DBM (modelo batimétrico digital) como la superficie del fondo marino a partir de la cual se segmentarán las dunas. Se realiza un análisis geomorfológico del lecho marino para identificar las características salientes de las dunas. Esto es seguido por un enfoque OBIA (análisis de imágenes basado en objetos) que tiene como objetivo eliminar el análisis basado en píxeles de la superficie del fondo marino, formando objetos para describir mejor las dunas presentes en el fondo marino. Para validar el método de segmentación, se segmentaron más de 850 dunas en el contexto fluvio-marino del Northern Traverse del río San Lorenzo. Se logró una tasa de rendimiento de casi el 92% de dunas bien segmentadas (es decir, verdaderos positivos).