Este estudio examina la diversidad intraespecífica de los delfines mulares comunes alrededor de Guadalupe. Utilizando más de una década de datos de foto-identificación, se identificaron dos morfotipos de delfines mulares comunes en el archipiélago de Guadalupe. Este estudio realizó un análisis detallado de sus diferencias morfológicas, diversidad genética y preferencias de hábitat. Se compararon muestras de ADN de individuos varados con secuencias específicas de ecotipo de otras regiones para evaluar la diferenciación genética local, mientras que se aplicó modelado de hábitat para identificar patrones espaciales asociados con cada morfotipo. Basado en las diferencias en morfología, genética y preferencias de hábitat, los hallazgos demuestran la presencia de dos ecotipos en Guadalupe, correspondientes a los ecotipos costero y oceánico. Como estudio de caso, el análisis de la exposición al tráfico marítimo sugiere niveles de riesgo diferenciales entre los dos ecotipos. Esta investigación subraya la importancia de considerar las características específicas de los ecotipos en la planificación de la conservación de mamíferos marinos, particularmente en el contexto de un área marina protegida dedicada a la conservación de mamíferos marinos, como el Santuario Agoa.