Las semillas de soja con tasas de germinación similares pueden mostrar diferencias sutiles en la calidad fisiológica, lo que influye en el rendimiento en el campo y la longevidad del almacenamiento. Este estudio utilizó un enfoque de proteómica de escopeta para caracterizar el perfil proteómico de dos lotes comerciales de semillas de soja (de mayor y menor calidad) durante la germinación, con el objetivo de identificar biomarcadores asociados con la vitalidad y el deterioro. Las proteínas fueron analizadas a lo largo de tres fases de germinación: imbibición (Fase I, 0.5 h), activación metabólica (Fase II, 20 h) y protrusión de la radícula (Fase III, 51 h). Se identificaron un total de 777 proteínas, y de estas proteínas diferencialmente abundantes (DAPs), se detectaron los siguientes totales: 12 en la Fase I, 17 en la Fase II y 28 en la Fase III. En la Fase I, las proteínas ribosomales eran más abundantes en las semillas de alta calidad, lo que indica una traducción eficiente y preparación para la germinación. Por el contrario, en la Fase III, las semillas de baja calidad mostraron niveles elevados de proteínas de almacenamiento y proteínas de respuesta al estrés, incluyendo la alcohol deshidrogenasa (ADH), proteínas de choque térmico y anexinas, lo que refleja una germinación retrasada y un mayor deterioro. Estos hallazgos resaltan la naturaleza dinámica de la expresión proteica durante la germinación y demuestran el potencial de la proteómica para detectar diferencias sutiles en la calidad fisiológica. Los biomarcadores identificados proporcionan información para la evaluación de la calidad de las semillas y ofrecen aplicaciones prácticas para mejorar la clasificación y gestión de lotes comerciales de semillas de soja.