El grano de arroz es una fuente dietética primaria de cadmio (Cd), un metal pesado tóxico para los humanos. Reducir la acumulación de Cd en el arroz mediante la selección y el cruce de cultivares de baja acumulación de Cd es muy importante. Sin embargo, la selección en campo para cultivares de arroz de baja acumulación de Cd sigue siendo laboriosa y consume mucho tiempo. En este estudio, identificamos genotipos de marcadores moleculares que pueden distinguir cultivares de arroz de alta y baja acumulación de Cd. Desarrollamos genotipos correspondientes para la selección asistida por marcadores de cultivares de baja acumulación de Cd en variedades de arroz tanto tempranas como tardías. Cincuenta y nueve cultivares de arroz temprano adaptados localmente y de alto rendimiento y treinta y siete cultivares de arroz tardío adaptados localmente y de alto rendimiento se cultivaron en dos campos con diferentes niveles de Cd en el suelo y se genotiparon utilizando marcadores moleculares asociados con la acumulación de Cd en el grano. Identificamos cinco cultivares de arroz temprano que mostraron consistentemente baja acumulación de Cd, con concentraciones de Cd en el grano por debajo del umbral de seguridad alimentaria de 0.2 mg kg en dos campos de arroz. Para el arroz temprano, desarrollamos dos genotipos de marcadores moleculares combinados de baja acumulación de Cd (Multi-LCL1 y Multi-LCL2) que tenían un contenido de Cd en el grano significativamente más bajo en comparación con Multi-LCL3 y Multi-LCL4. Para el arroz tardío, el genotipo de marcador molecular combinado de baja acumulación de Cd Multi-CL1 mostró niveles de Cd en el grano sustancialmente reducidos en relación con Multi-CL2-CL5. Estos hallazgos sugieren que los genotipos de marcadores moleculares combinados Multi-LCL1/LCL2 para arroz temprano y Multi-CL1 para arroz tardío son herramientas prácticas para identificar rápidamente cultivares con bajo potencial de acumulación de Cd.