Identificación de controles endógenos apropiados para la cuantificación de miARN circulantes en perros de trabajo bajo condiciones de estrés fisiológico
Autores: Guelfi, Gabriella; Capaccia, Camilla; Santoro, Michele Matteo; Diverio, Silvana
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación de controles endógenos apropiados para la cuantificación de miARN circulantes en perros de trabajo bajo condiciones de estrés fisiológico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
MiARNs circulantes
Qpcr
Control endógeno
Normalización
Estabilidad
Secuenciación de nueva generación
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
Los miARNs libres de células, llamados miARNs circulantes (cmiARNs), pueden actuar de manera paracrina facilitando una diversidad de mecanismos de señalización entre células. La qPCR en tiempo real es el método más aceptado para cuantificar los niveles de expresión de miARN. El uso de un control endógeno de miARN estable (CE) para la normalización de datos de qPCR permite una comparación precisa de la expresión génica entre muestras. La selección adecuada del CE es un paso crucial porque los datos de qPCR pueden cambiar drásticamente cuando la normalización se realiza utilizando un CE inestable frente a uno estable. Para encontrar cmiARNs CE con expresión estable en perros de trabajo de búsqueda y rescate (SAR), exploramos el miRNome sérico mediante Secuenciación de Nueva Generación (NGS) en T0 (estado de reposo) y T1 inmediatamente después del rendimiento de SAR (estado de estrés fisiológicamente recuperado). Los cmiARNs seleccionados en el miRNome circulante de NGS como probables CE fueron validados por qPCR, y la estabilidad del miARN se evaluó utilizando los algoritmos Delta Ct, BestKeeper, NormFinder y GeNorm. Finalmente, se utilizó RefFinder para clasificar los órdenes de estabilidad tanto en T0 como en T1, estableciendo miR-320 y miR-191 como los mejores CE circulantes. Estamos seguros de que este estudio no solo proporciona un resultado útil en sí mismo, sino también un diseño experimental para seleccionar los mejores controles endógenos para normalizar la expresión génica de genes más allá de los miARNs circulantes.
Descripción
Los miARNs libres de células, llamados miARNs circulantes (cmiARNs), pueden actuar de manera paracrina facilitando una diversidad de mecanismos de señalización entre células. La qPCR en tiempo real es el método más aceptado para cuantificar los niveles de expresión de miARN. El uso de un control endógeno de miARN estable (CE) para la normalización de datos de qPCR permite una comparación precisa de la expresión génica entre muestras. La selección adecuada del CE es un paso crucial porque los datos de qPCR pueden cambiar drásticamente cuando la normalización se realiza utilizando un CE inestable frente a uno estable. Para encontrar cmiARNs CE con expresión estable en perros de trabajo de búsqueda y rescate (SAR), exploramos el miRNome sérico mediante Secuenciación de Nueva Generación (NGS) en T0 (estado de reposo) y T1 inmediatamente después del rendimiento de SAR (estado de estrés fisiológicamente recuperado). Los cmiARNs seleccionados en el miRNome circulante de NGS como probables CE fueron validados por qPCR, y la estabilidad del miARN se evaluó utilizando los algoritmos Delta Ct, BestKeeper, NormFinder y GeNorm. Finalmente, se utilizó RefFinder para clasificar los órdenes de estabilidad tanto en T0 como en T1, estableciendo miR-320 y miR-191 como los mejores CE circulantes. Estamos seguros de que este estudio no solo proporciona un resultado útil en sí mismo, sino también un diseño experimental para seleccionar los mejores controles endógenos para normalizar la expresión génica de genes más allá de los miARNs circulantes.