Los microorganismos promotores del crecimiento de las plantas (PGPM) benefician la salud de las plantas al mejorar la eficiencia en el uso de nutrientes y protegerlas contra estrés biótico y abiótico. Este estudio tuvo como objetivo aislar y caracterizar PGPM autóctonos de cultivos agroalimentarios importantes y plantas no agrícolas para formular biofertilizantes. Se aislaron microorganismos nativos y se evaluaron sus características PGP (solubilización de K, P y Zn, fijación de N, producción de NH-, IAA y sideróforos, y actividad antifúngica). Los aislados se probaron en plántulas de rábano y brócoli, evaluando 19 aislados individuales y 12 consorcios microbianos. Se identificaron bacterias potenciales mediante secuenciación de ADN. En total, se aislaron 798 bacterias y 209 hongos. Los aislados mostraron una mayor actividad de solubilización mineral que otros mecanismos; 399 bacterias y 156 hongos presentaron solubilización mineral. Las bacterias fueron relevantes para la fijación de nitrógeno, producción de sideróforos, IAA (29-176 mg/L) y amoníaco, mientras que los hongos para la inhibición del crecimiento (40-69%). Se seleccionaron veinticuatro bacterias y dieciocho hongos por sus características PGP. Las bacterias tuvieron efectos significativamente (ANOVA, < 0.05) mejores en las plantas que los hongos; los tratamientos mejoraron la altura de las plantas (23.06-51.32%), el diámetro de las hojas (25.43-82.91%) y el peso fresco (54.18-85.45%) en ambos cultivos. La mayoría de las especies potenciales pertenecían a y géneros. Este trabajo validó un enfoque de alto rendimiento para el cribado de cientos de microorganismos rizosféricos con potencial PGP aislados de muestras rizosféricas.