El glaucoma representa un grupo de enfermedades neurodegenerativas crónicas, constituyendo la segunda causa principal de ceguera en todo el mundo. Hasta la fecha, se ha identificado la presión intraocular crónicamente elevada como el principal factor de riesgo y el único síntoma tratable. Sin embargo, hay una creciente evidencia en la literatura reciente de que los mecanismos moleculares independientes de la PIO también juegan un papel importante en la progresión de la enfermedad. En los últimos años, se ha vuelto cada vez más claro que el glaucoma tiene un componente autoinmune. El enfoque principal en la actualidad es elucidar la patogénesis del glaucoma, encontrar opciones de diagnóstico temprano y nuevos enfoques terapéuticos. Este artículo de revisión resume el impacto de diferentes anticuerpos y proteínas asociados con el glaucoma que pueden ser detectados, por ejemplo, mediante microarreglos y análisis espectrométricos de masas, que (i) proporcionan información sobre perfiles de expresión y vías de señalización molecular asociadas, (ii) pueden posiblemente ser utilizados como herramienta de diagnóstico en el futuro y, (iii) pueden identificar posibles objetivos para enfoques terapéuticos.