Las bacterias comensales causan varias enfermedades intestinales y extraintestinales, ya que tienen factores de virulencia que interfieren en procesos celulares importantes. Estas bacterias también tienen una gran capacidad para propagar los genes de resistencia, a veces a bacterias filogenéticamente distantes, lo que representa una amenaza adicional para la salud pública a nivel mundial. Aquí, nuestro objetivo fue utilizar el potencial analítico de la espectrometría de masas MALDI-TOF para caracterizar aislamientos e identificar proteínas asociadas estrechamente con la resistencia a los antibióticos. Se muestrearon treinta cepas productoras de beta-lactamasa de espectro extendido de varios animales. Los fenotipos de resistencia a los antibióticos se determinaron de acuerdo con los métodos del Instituto de Normas Clínicas y de Laboratorio (CLSI), y mostraron que todos los aislamientos bacterianos eran multirresistentes a trimetoprim-sulfametoxazol, tetraciclina y ampicilina. Para identificar péptidos característicos de resistencia a antibióticos particulares, cada cepa se cultivó en presencia o ausencia de los diferentes antibióticos, y luego se extrajeron proteínas de las células. Las huellas proteicas de las muestras se determinaron mediante MALDI-TOF MS en modo lineal en un rango de masas de 2 a 20 kDa. Los espectros obtenidos se compararon utilizando el software de bioinformática ClinProTools, empleando tres algoritmos de clasificación de aprendizaje automático. También se detectó un biomarcador de especie putativo en un pico de 4528.00.