La mastitis es la infección más común en las cabras lecheras que afecta la producción y calidad de la leche, la cual generalmente se reconoce mediante la inspección visual y la palpación de la glándula mamaria. Las formas subclínicas de la enfermedad también están ampliamente representadas, careciendo de los signos típicos de las formas clínicas, pero aún así están asociadas con una producción reducida y la seguridad para el consumo humano de la leche, presentando generalmente un alto recuento bacteriano. Con el fin de obtener herramientas analíticas novedosas para el diagnóstico rápido y no invasivo de la mastitis en cabras, analizamos muestras de leche de animales sanos, subclínicos y clínicos con una plataforma peptidómica basada en MALDI-TOF-MS, generando perfiles espectrales específicos de grupos de enfermedades cuyos valores de intensidad de señal y masa fueron analizados estadísticamente. Se identificaron firmas espectrales peculiares de la mastitis con respecto al control, mientras que no se observaron diferencias espectrales significativas entre las muestras de leche clínicas y subclínicas. Se asignaron señales discriminantes a péptidos específicos a través de experimentos de nanoLC-ESI-Q-Orbitrap-MS/MS. Algunas de estas moléculas se predijo que tenían actividad antimicrobiana basada en su fuerte similitud con compuestos bioactivos homólogos de otros mamíferos. A través de la definición de un panel de biomarcadores peptídicos, este estudio proporciona un método muy rápido y de bajo costo para detectar rutinariamente muestras de leche mastítica, incluso cuando no se observan signos clínicos evidentes en la glándula mamaria.