El complejo de especies consta de al menos 44 especies crípticas, que son posibles vectores de aproximadamente 320 especies de begomovirus, la mayoría de los cuales son virus significativos para las plantas. Sin embargo, la relación de la transmisión de begomovirus a través de vectores a nivel de especies crípticas es incierta. En nuestro estudio anterior, se identificaron tres especies crípticas (Asia I, Asia II 1 y Asia II 5) a partir de 76 muestras recolectadas en 23 distritos de Nepal. Usando los mismos individuos, identificamos siete especies diferentes de begomovirus (Virus del rizado de la hoja de calabaza de China [SLCCNV], Virus del rizado de la hoja del tomate de Nueva Delhi [ToLCNDV], Virus del rizado de la hoja de la enación del quimbombó [OELCuV], Virus del rizado de la hoja de Synedrella [SyLCV], Virus del rizado de la hoja del tomate de Kerala [ToLCKeV], Virus de la enación de Ageratum [AEV] y Virus del rizado de la hoja del tomate de Karnataka [ToLCKV]) mediante PCR utilizando cebadores universales de begomovirus. Los begomovirus se detectaron en el 55,26% de las muestras de mosca blanca, y SLCCNV fue la especie más prevalente (27,63%). Entre las tres especies crípticas de , la tasa de detección de virus fue mayor en Asia I (60%), seguida por Asia II 1 (58,82%) y Asia II 5 (53,06%). La mayoría de los virus se detectaron en las tres especies, pero AEV y ToLCKV solo se encontraron en Asia I y Asia II 1, respectivamente. El análisis geográfico mostró que SLCCNV estaba distribuido en todo el país, lo cual es similar a la distribución de la especie Asia II 5, pero OELCuV y SyLCV solo se detectaron en la región central de Nepal. Nuestros resultados proporcionan información importante sobre el perfil de begomovirus en Nepal, lo cual puede ser beneficioso para la evaluación del riesgo de virus de plantas y para desarrollar estrategias de manejo para reducir el daño de los virus transmitidos por moscas blancas.