Con el desarrollo y mejora de las tecnologías de cría de arroz híbrido, se ha vuelto posible utilizar directamente la heterosis entre subespecies para cultivar variedades de arroz de alto rendimiento. Analizar con precisión los atributos y niveles de heterosis de las variedades es crucial para criar con éxito arroz híbrido y utilizar la heterosis. Este estudio empleó 34 marcadores moleculares de inserción-deleción (InDel) para identificar los atributos en 122 variedades de arroz y validó los resultados utilizando análisis de conglomerados y análisis de componentes principales (PCAs). Además, se evaluaron los rasgos relacionados con el rendimiento de los híbridos y los progenitores, se analizó la heterosis y se exploró la viabilidad de predecir la heterosis utilizando la distancia genética (GD) entre los progenitores. Los marcadores moleculares InDel mostraron que todos los híbridos eran cruces con diferentes componentes genéticos, confirmado por los análisis de conglomerados y los PCAs. Un análisis de heterosis reveló que un aumento en el número efectivo de panículas por planta (EP) fue el principal factor en el aumento del rendimiento. Diferentes intervalos de GD mostraron correlaciones variables con la heterosis de los rasgos. Estos resultados indican la eficacia de los marcadores moleculares InDel para distinguir con precisión los atributos y que las combinaciones híbridas muestran una heterosis significativa. Este estudio proporciona una referencia para la selección de progenitores y la utilización de la heterosis en el arroz híbrido.