Un método de identificación de asociación miRNA-enfermedad basado en la selección de muestras negativas fiables y una red neuronal de retroalimentación de una sola capa oculta mejorada
Autores: Tian, Qinglong; Zhou, Su; Wu, Qi
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Un método de identificación de asociación miRNA-enfermedad basado en la selección de muestras negativas fiables y una red neuronal de retroalimentación de una sola capa oculta mejorada
Categoría
Gestión y administración
Subcategoría
Gestión de la tecnología y la inovación
Palabras clave
MiARNs
ARN pequeños no codificantes
Expresión génica post-transcripcional
Métodos bioinformáticos
RNSSLFN
Red neuronal
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
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Citaciones: Sin citaciones
Los miARN son una categoría de importantes ARN pequeños no codificantes endógenos y son ubicuos en los eucariotas. Están ampliamente involucrados en el proceso regulador de la expresión génica post-transcripcional y juegan un papel crítico en el desarrollo de enfermedades humanas. Al utilizar los recientes avances en la tecnología de grandes datos, el uso de métodos bioinformáticos para identificar miARN causales se ha convertido en un punto focal. En este artículo, se propone un método llamado RNSSLFN para identificar las asociaciones miARN-enfermedad mediante la selección confiable de muestras negativas y una red neuronal de avance simple de capa oculta mejorada (SLFN). Esto implica, en primer lugar, obtener una similitud integrada para los miARN y las enfermedades; a continuación, seleccionar muestras negativas confiables de asociaciones miARN-enfermedad desconocidas mediante la distinción de miARN regulados al alza o a la baja; luego, introducir un SLFN mejorado para resolver la tarea de predicción. Los resultados experimentales en los últimos conjuntos de datos HMDD v3.2 y el marco de validación cruzada de 5 pliegues (CV) muestran que el AUC y el AUPR promedio de RNSSLFN alcanzan 0.9316 y 0.9065 m, respectivamente, lo que es superior a otros tres métodos de vanguardia. Además, en los estudios de caso de 10 cánceres comunes, más del 70% de los 30 pares de asociación miARN-enfermedad predichos se verifican en las bases de datos, lo que confirma aún más la confiabilidad y efectividad del modelo RNSSLFN. En general, RNSSLFN en la predicción de asociaciones miARN-enfermedad tiene un potencial prodigioso y un amplio futuro.
Descripción
Los miARN son una categoría de importantes ARN pequeños no codificantes endógenos y son ubicuos en los eucariotas. Están ampliamente involucrados en el proceso regulador de la expresión génica post-transcripcional y juegan un papel crítico en el desarrollo de enfermedades humanas. Al utilizar los recientes avances en la tecnología de grandes datos, el uso de métodos bioinformáticos para identificar miARN causales se ha convertido en un punto focal. En este artículo, se propone un método llamado RNSSLFN para identificar las asociaciones miARN-enfermedad mediante la selección confiable de muestras negativas y una red neuronal de avance simple de capa oculta mejorada (SLFN). Esto implica, en primer lugar, obtener una similitud integrada para los miARN y las enfermedades; a continuación, seleccionar muestras negativas confiables de asociaciones miARN-enfermedad desconocidas mediante la distinción de miARN regulados al alza o a la baja; luego, introducir un SLFN mejorado para resolver la tarea de predicción. Los resultados experimentales en los últimos conjuntos de datos HMDD v3.2 y el marco de validación cruzada de 5 pliegues (CV) muestran que el AUC y el AUPR promedio de RNSSLFN alcanzan 0.9316 y 0.9065 m, respectivamente, lo que es superior a otros tres métodos de vanguardia. Además, en los estudios de caso de 10 cánceres comunes, más del 70% de los 30 pares de asociación miARN-enfermedad predichos se verifican en las bases de datos, lo que confirma aún más la confiabilidad y efectividad del modelo RNSSLFN. En general, RNSSLFN en la predicción de asociaciones miARN-enfermedad tiene un potencial prodigioso y un amplio futuro.