El arroz es susceptible al estrés por frío en la etapa de plántula, lo que puede retrasar el crecimiento y disminuir el rendimiento. Evaluamos 187 accesiones de arroz para la tolerancia al frío en la etapa de plántula y desarrollamos ensayos genotípicos para tres marcadores. Todas (20/20) y 20/140 accesiones fueron altamente tolerantes al frío. Dos marcadores SNP específicos para y fueron prácticos de usar mediante gel de agarosa normal. El marcador SNP específico para fue altamente específico para predecir la tolerancia al frío. Sin embargo, la sensibilidad de este marcador fue baja, ya que varias accesiones tolerantes al frío carecían del alelo tolerante al frío. El marcador fue ligeramente más sensible que el marcador para predecir accesiones altamente tolerantes al frío. Se identificó una variante de inserción/deleción en el gen como un nuevo marcador de tolerancia al frío. El marcador predijo más accesiones altamente tolerantes al frío en comparación con los otros dos marcadores. El marcador SNP específico para y el marcador estaban presentes en varios subgrupos probados, lo que sugiere sus amplios efectos y distribución. La combinación de los tres marcadores predijo las accesiones más altamente tolerantes al frío, lo que indica que la combinación de marcadores es superior para aplicaciones como la cría asistida por marcadores. Las accesiones tolerantes al frío y los ensayos de marcadores genotípicos serán útiles para la futura cría de arroz.