Los humedales de pantano alpino en las Montañas Qilian de Qinghai (QMQ) están bajo constante amenaza por los efectos del cambio climático y las actividades humanas. Identificar las áreas clave de protección ecológica (KEPAs) de los humedales de pantano es un requisito previo para formular estrategias de protección y ejecutar programas de planificación espacial. El estudio actual desarrolló un método novedoso para identificar las KEPAs de los humedales de pantano siguiendo el método combinado de características-funciones del patrón del ecosistema (EPCFs) y el paradigma de investigación de fuente ecológica-corredor ecológico-nodo ecológico. Más específicamente, se construyó un sistema de evaluación para la resistencia ecológica integrando los impulsores de los EPCFs en los humedales de pantano. Además, se analizaron las perturbaciones de degradación de los humedales de pantano a través de los impulsores de los EPCFs incorporados con una encuesta de campo. Los hallazgos indicaron lo siguiente: (1) Los humedales de pantano tuvieron un rendimiento hídrico total de aproximadamente 3.96 x 10^8 m3. La tasa de conservación del suelo y la calidad del hábitat por unidad de área se calcularon en 52.92 t·hm-2·a-1 y 0.992, respectivamente, con valores más altos observados en la orilla sur y valores más bajos en la orilla norte del río en el QMQ. (2) Las KEPAs para los humedales de pantano cubrieron una extensión total de 996.53 km2 en el QMQ, abarcando 40 fuentes ecológicas, 39 corredores ecológicos y 40 nodos ecológicos, predominantemente ubicados en las regiones de origen del río. (3) Las KEPAs fueron reestructuradas en un marco ecológico que comprende dos ejes ecológicos, cuatro cinturones ecológicos, cuatro núcleos ecológicos y múltiples nodos en el QMQ. En respuesta a los factores que contribuyen a la degradación de los humedales de pantano, se han recomendado medidas adaptativas que incluyen priorizar la restauración natural, modificar las estrategias de pastoreo, ejecutar proyectos de restauración ecológica como mínimo y designar áreas protegidas. Esta investigación podría contribuir a mejorar la eficiencia de la planificación territorial regional y ofrecer una base teórica para mejorar el marco de protección ecológica de los humedales de pantano regionales.