Las interacciones de compatibilidad entre el hospedador y las proteínas fúngicas son necesarias para establecer con éxito una enfermedad en las plantas por hongos u otras enfermedades. Se sabe que las sustancias fotocatalíticas y antimicrobianas generalmente aumentan la resiliencia de las plantas, lo cual es esencial para erradicar infecciones por hongos. A través de modelado por homología y análisis de acoplamiento in silico, evaluamos 50 fitoquímicos del pepino, 15 compuestos antimicrobianos de fuentes botánicas y seis compuestos de fuentes químicas contra dos proteínas relacionadas con el mildiu polvoriento del pepino. Las estructuras 3D de los dos modelos de proteínas estaban compuestas por hojas alfa y beta. Según el análisis del gráfico de Ramachandran, el modelo de la proteína efectora QNE 4 se consideró de alta calidad porque tenía el 86.8% de sus residuos en la región preferida. Los resultados del análisis de acoplamiento molecular mostraron que las proteínas QNE4 y la subunidad 1 de la citocromo oxidasa mostraron buenas afinidades de unión con flavonas glucosiladas, terpenoides y flavonoides de fitoquímicos, compuestos antimicrobianos de botánicos (ajo y clavo) y compuestos sintetizados químicamente, lo que indica el potencial para actividad antifúngica.