La batata muestra una diversa pigmentación púrpura debido a la acumulación de antocianinas. Mientras que la investigación actual sobre los activadores MYB subyacentes se ha centrado en IbMYB1 en tubérculos de pulpa púrpura, la diversidad de color sugiere la participación de otros activadores MYB. Anteriormente identificamos IbMYB2 e IbMYB3 en la coloración de las hojas. Aquí, exploramos la localización cromosómica, la filogenia y el escenario evolutivo de IbMYB1/2/3 utilizando cuatro genomas. IbMYB1/2/3 se localizan adyacentes como un clúster de genes MYB de antocianina, probablemente resultado de duplicaciones en tándem. Los tres IbMYBs inducen antocianinas en tabaco y activan los promotores de los genes clave de la vía de antocianinas. El análisis de expresión en variedades de batata indicó que IbMYB1 domina la pulpa de tubérculo púrpura, mientras que IbMYB2/3 contribuyen a la coloración de las hojas y la piel del tubérculo. La sobreexpresión de IbMYB1/2/3 en batata indujo todas raíces fibrosas púrpuras. La transcriptómica de las raíces fibrosas de IbMYB2-OX reveló la regulación al alza de todos los genes de la vía de antocianinas. Entre los factores de transcripción más regulados al alza estaban IbMYB27 e IbHLH2. Un efecto inhibitorio inducido por IbMYB27 probablemente explica la débil pigmentación en las raíces de almacenamiento de IbMYB2-OX. Se destacó el papel de IbMYB2/3 en la regulación fina de la pigmentación púrpura de la batata. Este estudio complementa trabajos anteriores sobre IbMYB1, proporcionando valiosos conocimientos sobre la intrincada red reguladora de antocianinas y apoyando los esfuerzos de mejora de la batata para mejorar sus cualidades nutricionales y estéticas.