La lana es una materia prima importante de origen animal que es irremplazable en las economías nacionales. Mejorar el rendimiento de las ovejas de lana fina de alta calidad ha sido el objetivo central de la investigación en la cría de ovejas de lana fina. El crecimiento de la lana es un proceso fisiológico y bioquímico complejo regulado por una variedad de factores. El desarrollo de los folículos secundarios (FS) determina directamente el rendimiento y la calidad de la lana. En este estudio, investigamos el papel del ARN circular (circRNA) en la regulación del desarrollo de FS en diez etapas embrionarias clave en ovejas Merino alpinas. Los perfiles de expresión de circRNAs se construyeron mediante secuenciación de ARN, y se encontraron 173 circRNAs expresados diferencialmente que estaban significativamente enriquecidos en rutas clave del desarrollo del folículo piloso, como Wnt/beta-catenina, factor de crecimiento transformante-beta/Smad, Notch y quinasa activada por mitógenos. La construcción adicional de 88 redes regulatorias circRNA-miRNA-mRNA mostró que 16 circRNAs clave interactuaron con 44 miARN y 65 mARN a través de un mecanismo de ARN endógeno competitivo. Entre estos, seis moléculas candidatas, incluyendo circRNA_07722 y circRNA_08249, proporcionaron objetivos importantes para analizar la red regulatoria molecular del desarrollo de grasa autóloga. Estos hallazgos no solo profundizan nuestra comprensión del mecanismo regulador del crecimiento de la lana, sino que también proporcionan una nueva base teórica y una ruta técnica para la cría molecular de ovejas de lana fina.