La papa (L.) es un cultivo alimentario importante y en los últimos años, la marchitez por Verticillium se ha convertido en una de las principales enfermedades que limitan la producción de papa. Para estudiar la marchitez por Verticillium en papa, se aisló una cepa altamente patógena de muestras de campo en Heilongjiang. Después de la secuenciación y la identificación morfológica, se confirmó que la cepa era especializada en hospedadores (Vn011). El análisis del genoma reveló 151 genes huérfanos en Vn011, y el análisis transcriptómico comparativo antes y después de la inoculación de papa mostró la expresión diferencial de 21 genes, incluidos varios que codifican regiones de baja complejidad (LCRs) y dominios transmembrana (TM). Se sabe que estos dominios están involucrados en la señalización de patógenos, el plegamiento de proteínas y los procesos de separación de fases. Este estudio presenta la secuencia del genoma completo de Vn011, habiendo predicho y analizado los cambios de expresión de los genes huérfanos durante el proceso de infección en papa, y proporciona nuevas perspectivas sobre los mecanismos patogénicos del patógeno. La investigación adicional sobre estos genes huérfanos no solo mejorará la comprensión de la adaptación evolutiva de Vn011, sino que también puede proporcionar nuevos objetivos moleculares para el control de la enfermedad de marchitez en papa.