Los anticuerpos monoclonales neutralizantes para el factor de necrosis tumoral (TNF) se han utilizado ampliamente para tratar la enfermedad de Crohn (EC) en la práctica clínica. Sin embargo, la respuesta individual diferencial requiere una evaluación de la respuesta terapéutica de los agentes anti-TNF en pacientes con EC para optimizar la estrategia terapéutica. Nuestro objetivo fue predecir la respuesta a la terapia anti-TNF en pacientes con EC utilizando análisis de transcriptoma. Se realizaron análisis de transcriptoma utilizando datos de las bases de datos Gene Expression Omnibus, GeneCards y Human Protein Atlas. Las funciones biológicas significativamente mitigadas asociadas con la resistencia a la terapia anti-TNF en pacientes con EC abarcaron vías inmunitarias, incluyendo la señalización de Interleucina-17 (IL-17), la interacción citoquina-receptor de citoquina y la artritis reumatoide. Los puntajes de los marcadores de células inmunitarias, incluyendo neutrófilos, monocitos y macrófagos/monocitos, también se redujeron significativamente en los no respondedores en comparación con los medidos en los respondedores a la terapia anti-TNF. El gen asociado con la movilización y activación de neutrófilos mediada por citoquinas IL-17 se expresó significativamente menos en células de tejido y en células mononucleares de sangre periférica (PBMC) en pacientes con EC resistentes a la terapia anti-TNF. La reducción de la expresión de varias citoquinas proinflamatorias debido a la señalización de IL-17 regulada a la baja sugiere la no respuesta primaria a los agentes anti-TNF en pacientes con EC. Además, la firma genética de PBMC puede ser un biomarcador pronóstico prometedor antes del tratamiento para la respuesta a fármacos anti-TNF en pacientes con EC.