El síndrome de boca ardiente (SBA) es una condición oral crónica caracterizada por una sensación de ardor intraoral, alteraciones del gusto y sensaciones de boca seca. Aunque varios factores se han relacionado estrechamente con la aparición de los síntomas, incluidos la ansiedad, la depresión y los trastornos del sueño, la etiología del SBA sigue siendo incierta. Además, actualmente no existen herramientas de diagnóstico objetivas, lo que hace que su diagnóstico sea un desafío. Por lo tanto, para contribuir al conocimiento sobre la etiología del SBA y buscar herramientas objetivas para su diagnóstico, se llevó a cabo el presente estudio. Así, el objetivo de este estudio fue analizar el perfil proteómico de la saliva total en reposo de pacientes con SBA y controles emparejados por edad y sexo utilizando electroforesis bidimensional. Los resultados mostraron evidencia de cambios en la saliva a nivel de proteínas relacionadas con vías importantes como el estrés (sAA), el sistema inmunológico (Ig) y la inflamación (inhibidor de elastasa de leucocitos). Mientras que algunos de nuestros hallazgos han sido descritos previamente, otros, como la desregulación de la proteína 25 que contiene el dominio de coiled-coil en el SBA, se presentan aquí por primera vez, hasta donde sabemos. Así, la saliva nos proporciona información relevante sobre la fisiopatología del SBA y podría considerarse un biofluido adecuado para su estudio y/o diagnóstico.