Identificación a nivel genómico y análisis de expresión de la familia de genes RADIALIS-like en
Autores: Wang, Shaoying; Wen, Beibei; Yang, Yun; Long, Shanshan; Liu, Jianjun; Li, Meifeng
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación a nivel genómico y análisis de expresión de la familia de genes RADIALIS-like en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Proteínas
Genes
Expresión
Análisis
Factores de transcripción
Procesos biológicos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 7
Citaciones: Sin citaciones
Las proteínas similares a RADIALIS (RL) son factores de transcripción (TFs) relacionados con el oncogén viral homólogo a v-myb de la mieloblastosis aviar (MYB) y están involucradas en muchos procesos biológicos, incluyendo el metabolismo, el desarrollo y la respuesta a estrés biótico y abiótico. Sin embargo, los estudios sobre los genes no son lo suficientemente completos. Por lo tanto, emprendimos este estudio e identificamos ocho genes basados en el dominio conservado típico SANT asociado de RL. Estos genes tienen pesos moleculares bajos y valores p teóricos que oscilan entre 5.67 y 9.76. El análisis de la estructura génica reveló que seis genes comprenden dos exones y un intrón, mientras que los otros dos contienen un solo exón que abarca los motivos 1 y 2, y parte del motivo 3. El análisis filogenético dividió ciento cincuenta y ocho proteínas RL en cinco clases principales, en las que los CsaRLs se agruparon en el Grupo V y fueron homólogos a los CssRLs de la variedad. Además, seleccionamos diferentes partes de tejido para analizar el perfil de expresión de los genes, y los resultados muestran que casi todos los genes mostraron niveles de expresión variables en los tejidos, siendo relativamente abundantes en todos ellos. Se utilizó qRT-PCR (PCR cuantitativa en tiempo real) para detectar los niveles de expresión relativa de los genes bajo varios estímulos abióticos, y se encontró que los niveles de expresión eran sustancialmente más altos que los de otros genes, siendo el ácido abscísico (ABA) el que causó la mayor expresión. La prueba de autoactivación con el sistema de dos híbridos en levadura mostró que CsaRL1a no tiene actividad transcripcional. Según las redes de interacción funcional de proteínas, CsaRL1a estaba bien conectado con WIN1-like, transportador de lisina e histidina-1-like, beta-amilasa 3 similar a cloroplastos, anhidrasa carbónica-2-like (CA2) y anhidrasa carbónica dnaJC76 (DJC76). Este estudio contribuye a nuestra comprensión de la familia RL y sienta las bases para futuras investigaciones sobre la función y los mecanismos regulatorios de la familia génica.
Descripción
Las proteínas similares a RADIALIS (RL) son factores de transcripción (TFs) relacionados con el oncogén viral homólogo a v-myb de la mieloblastosis aviar (MYB) y están involucradas en muchos procesos biológicos, incluyendo el metabolismo, el desarrollo y la respuesta a estrés biótico y abiótico. Sin embargo, los estudios sobre los genes no son lo suficientemente completos. Por lo tanto, emprendimos este estudio e identificamos ocho genes basados en el dominio conservado típico SANT asociado de RL. Estos genes tienen pesos moleculares bajos y valores p teóricos que oscilan entre 5.67 y 9.76. El análisis de la estructura génica reveló que seis genes comprenden dos exones y un intrón, mientras que los otros dos contienen un solo exón que abarca los motivos 1 y 2, y parte del motivo 3. El análisis filogenético dividió ciento cincuenta y ocho proteínas RL en cinco clases principales, en las que los CsaRLs se agruparon en el Grupo V y fueron homólogos a los CssRLs de la variedad. Además, seleccionamos diferentes partes de tejido para analizar el perfil de expresión de los genes, y los resultados muestran que casi todos los genes mostraron niveles de expresión variables en los tejidos, siendo relativamente abundantes en todos ellos. Se utilizó qRT-PCR (PCR cuantitativa en tiempo real) para detectar los niveles de expresión relativa de los genes bajo varios estímulos abióticos, y se encontró que los niveles de expresión eran sustancialmente más altos que los de otros genes, siendo el ácido abscísico (ABA) el que causó la mayor expresión. La prueba de autoactivación con el sistema de dos híbridos en levadura mostró que CsaRL1a no tiene actividad transcripcional. Según las redes de interacción funcional de proteínas, CsaRL1a estaba bien conectado con WIN1-like, transportador de lisina e histidina-1-like, beta-amilasa 3 similar a cloroplastos, anhidrasa carbónica-2-like (CA2) y anhidrasa carbónica dnaJC76 (DJC76). Este estudio contribuye a nuestra comprensión de la familia RL y sienta las bases para futuras investigaciones sobre la función y los mecanismos regulatorios de la familia génica.