Identificación a nivel genómico y análisis de expresión de la familia de genes en
Autores: Xue, Guoxia; Hu, Lingfeng; Zhu, Liming; Chen, Ya; Qiu, Chen; Fan, Ruifang; Ma, Xiaoxiao; Cao, Zijian; Chen, Jinhui; Shi, Jisen; Hao, Zhaodong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación a nivel genómico y análisis de expresión de la familia de genes en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Oxigenasa de escisión de carotenoides
Enzima
Fitohormonas
ácido abscísico
Estrigolactona
Familia de genes
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 7
Citaciones: Sin citaciones
La oxigenasa de escisión de carotenoides (CCO) es una enzima que puede catalizar carotenoides a sustancias aromáticas volátiles y participar en la biosíntesis de dos fitohormonas importantes, es decir, el ácido abscísico (ABA) y la estrigolactona (SL). Sin embargo, la identificación y análisis a nivel genómico de la familia de genes en la planta leñosa rara y en peligro de extinción no ha sido reportada. Aquí, realizamos un análisis a nivel genómico de la familia de genes en el genoma y examinamos su patrón de expresión durante diferentes procesos de desarrollo y en respuesta a varios estreses abióticos. Se identificaron un total de 10 genes que se dividieron en 6 subfamilias según el análisis filogenético. La predicción de localización subcelular mostró que la mayoría de las proteínas LcCCO se localizaban en el citoplasma. El análisis de replicación de genes mostró que la duplicación segmentaria y en tándem contribuyó a la expansión de esta familia de genes en el genoma. La predicción de elementos mostró que los elementos relacionados con hormonas vegetales, estrés y respuesta a la luz estaban ampliamente distribuidos en las regiones promotoras de los genes. El análisis del perfil de expresión génica mostró que estaba involucrado extensamente en la embriogénesis somática, especialmente en la maduración del embrión somático, así como en respuesta al estrés por calor y frío en las hojas. Además, el análisis de qRT-PCR mostró que respondía claramente al estrés por sequía en raíces y hojas. Este estudio proporciona una visión general completa de la familia de genes y un posible objetivo genético para la optimización del sistema de embriogénesis somática y la cría de resistencia en el valioso árbol forestal.
Descripción
La oxigenasa de escisión de carotenoides (CCO) es una enzima que puede catalizar carotenoides a sustancias aromáticas volátiles y participar en la biosíntesis de dos fitohormonas importantes, es decir, el ácido abscísico (ABA) y la estrigolactona (SL). Sin embargo, la identificación y análisis a nivel genómico de la familia de genes en la planta leñosa rara y en peligro de extinción no ha sido reportada. Aquí, realizamos un análisis a nivel genómico de la familia de genes en el genoma y examinamos su patrón de expresión durante diferentes procesos de desarrollo y en respuesta a varios estreses abióticos. Se identificaron un total de 10 genes que se dividieron en 6 subfamilias según el análisis filogenético. La predicción de localización subcelular mostró que la mayoría de las proteínas LcCCO se localizaban en el citoplasma. El análisis de replicación de genes mostró que la duplicación segmentaria y en tándem contribuyó a la expansión de esta familia de genes en el genoma. La predicción de elementos mostró que los elementos relacionados con hormonas vegetales, estrés y respuesta a la luz estaban ampliamente distribuidos en las regiones promotoras de los genes. El análisis del perfil de expresión génica mostró que estaba involucrado extensamente en la embriogénesis somática, especialmente en la maduración del embrión somático, así como en respuesta al estrés por calor y frío en las hojas. Además, el análisis de qRT-PCR mostró que respondía claramente al estrés por sequía en raíces y hojas. Este estudio proporciona una visión general completa de la familia de genes y un posible objetivo genético para la optimización del sistema de embriogénesis somática y la cría de resistencia en el valioso árbol forestal.