Identificación a Nivel Genómico, Evolución y Regulación de miRNA-22 de la Familia de Genes () en Pollo ()
Autores: Ma, Zheng; Chu, Huangbin; Li, Fapei; Han, Guochao; Cai, Yingqiu; Yi, Jianing; Lu, Mingrou; Xiang, Hai; Kang, Huimin; Ye, Fei; Chen, Siyu; Li, Hua
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Identificación a Nivel Genómico, Evolución y Regulación de miRNA-22 de la Familia de Genes () en Pollo ()
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Factores similares a krüppel
Familia de genes
Análisis filogenético
Herramientas bioinformáticas
MiRNA-22
Estructura de proteínas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
Los factores similares a Krüppel (KLF) son una clase de factores de transcripción fundamentales que están ampliamente presentes en varios eucariotas, desde nematodos hasta humanos, nombrados así por su dominio de unión al ADN que es altamente homólogo al factor Krüppel en las moscas de la fruta. Para investigar la composición, organización y trayectoria evolutiva de los miembros de la familia de genes en pollos, en nuestro estudio, aprovechamos secuencias conservadas de genes de clases representativas de peces, anfibios, aves y mamíferos como secuencias fundamentales. Se emplearon herramientas bioinformáticas para realizar alineaciones de homología en la base de datos del genoma de pollo, identificando finalmente los miembros de la familia KLF presentes en los pollos. La estructura del gen, el análisis filogenético, las secuencias de bases conservadas, las propiedades fisicoquímicas, el análisis de colinealidad y la estructura de proteínas fueron luego analizados utilizando herramientas bioinformáticas. Además, se exploró el impacto de miRNA-22, relacionado con el metabolismo lipídico avícola, en la expresión de la familia de genes en el hígado, corazón y músculo de los pollos de la perdiz de Qingyuan. Los resultados mostraron que: (1) en comparación con los peces, la familia KLF en las aves está más estrechamente relacionada con los mamíferos y anfibios; (2) los KLF dentro de los mismos subgrupos probablemente se derivan de una duplicación de un gen ancestral común; (3) KLF3/8/12 en el mismo subgrupo pueden tener algunas funciones similares o superpuestas; (4) el motivo 4 de KLF5 probablemente se perdió durante la evolución; (5) KLF9 puede desempeñar una función similar en pollos y cerdos; (6) hay relaciones colineales entre ciertos genes, lo que indica que hay funciones biomoleculares relacionadas entre estos genes; (7) todos los miembros de la familia KLF en pollos son proteínas no transmembrana; y (8) la interferencia y sobreexpresión de miRNA-22 en los pollos de la perdiz de Qingyuan pueden afectar los niveles de expresión de los genes en el hígado, corazón y músculo.
Descripción
Los factores similares a Krüppel (KLF) son una clase de factores de transcripción fundamentales que están ampliamente presentes en varios eucariotas, desde nematodos hasta humanos, nombrados así por su dominio de unión al ADN que es altamente homólogo al factor Krüppel en las moscas de la fruta. Para investigar la composición, organización y trayectoria evolutiva de los miembros de la familia de genes en pollos, en nuestro estudio, aprovechamos secuencias conservadas de genes de clases representativas de peces, anfibios, aves y mamíferos como secuencias fundamentales. Se emplearon herramientas bioinformáticas para realizar alineaciones de homología en la base de datos del genoma de pollo, identificando finalmente los miembros de la familia KLF presentes en los pollos. La estructura del gen, el análisis filogenético, las secuencias de bases conservadas, las propiedades fisicoquímicas, el análisis de colinealidad y la estructura de proteínas fueron luego analizados utilizando herramientas bioinformáticas. Además, se exploró el impacto de miRNA-22, relacionado con el metabolismo lipídico avícola, en la expresión de la familia de genes en el hígado, corazón y músculo de los pollos de la perdiz de Qingyuan. Los resultados mostraron que: (1) en comparación con los peces, la familia KLF en las aves está más estrechamente relacionada con los mamíferos y anfibios; (2) los KLF dentro de los mismos subgrupos probablemente se derivan de una duplicación de un gen ancestral común; (3) KLF3/8/12 en el mismo subgrupo pueden tener algunas funciones similares o superpuestas; (4) el motivo 4 de KLF5 probablemente se perdió durante la evolución; (5) KLF9 puede desempeñar una función similar en pollos y cerdos; (6) hay relaciones colineales entre ciertos genes, lo que indica que hay funciones biomoleculares relacionadas entre estos genes; (7) todos los miembros de la familia KLF en pollos son proteínas no transmembrana; y (8) la interferencia y sobreexpresión de miRNA-22 en los pollos de la perdiz de Qingyuan pueden afectar los niveles de expresión de los genes en el hígado, corazón y músculo.