Los genes relacionados con WUSCHEL () son una clase de factores de transcripción específicos de plantas que regulan el desarrollo de múltiples tejidos. Sin embargo, las caracterizaciones genómicas y los patrones de expresión de los genes WOX no se han analizado en loto. En este estudio, se identificaron 15 genes basados en el genoma de referencia bien anotado de loto. Según el análisis filogenético, los genes se agruparon en tres clados, es decir, clado antiguo, clado intermedio y clado WUS. A excepción del motivo de homeobox conservado, encontramos además motivos específicos de genes en diferentes clados y estructuras génicas divergentes, lo que sugiere sus funciones distintas. Además, dos genes en el clado antiguo tienen patrones de expresión conservados y otros genes exhiben diferentes patrones de expresión en los tejidos de loto, lo que sugiere un bajo nivel de redundancia funcional en los genes de loto. Además, construimos las redes de coexpresión génica para cada gen. Basado en el análisis de redes de coexpresión génica ponderadas (WGCNA), diez genes y sus genes coexpresados fueron asignados a los módulos que estaban significativamente relacionados con el cotiledón y la cubierta de la semilla. Además, realizamos experimentos de RT-qPCR, validando los niveles de expresión de diez genes en las redes de coexpresión. Nuestro estudio revela características genómicas completas de los genes en loto, proporcionando una base sólida para futuros estudios de función.