En este estudio, se recolectaron muestras de 429 individuos de perros en tres regiones principales de Vietnam (Vietnam del Sur, Vietnam Central y Vietnam del Norte) para analizar la región de 582 pb del mtDNA HVI, con el fin de estudiar la diversidad genética y examinar el haplotipo raro E en la población de perros de aldea vietnamitas. Nueve nuevos haplotipos A, dos nuevos haplotipos B y tres haplotipos C fueron únicos de los perros de Vietnam, en los cuales los nuevos haplotipos An3, An7, Cn1 y Cn3 concernían mutaciones en nuevos sitios de polimorfismo (15,517, 15,505, 15,479 y 15,933, respectivamente) que no se habían reportado anteriormente. La detección de los haplotipos A9 y A29, y la aparición del haplotipo A200 en los dos perros individuales muestreados apoyan que el perro del sudeste asiático es el ancestro del dingo australiano actual y del perro polinesio. Los dos haplotipos raros E (E1 y E4) fueron reconfirmados en perros vietnamitas y discutidos. Este estudio también contribuye a fortalecer la teoría de la domesticación de los perros al sur del río Yangtsé y el origen del dingo en el sudeste asiático.