Los estudios de intervención asistida por equinos (EAI) se ocupan de los clientes, mientras que muy pocos estudios se centraron en los efectos sobre los animales. Los équidos en EAI también están sometidos a una gestión que influye en su bienestar. La gestión y las condiciones de trabajo dependen de las decisiones y percepciones humanas. Recopilamos información a través de una encuesta sobre las estrategias de los gerentes de instalaciones (n = 51) y obtuvimos información directa sobre la gestión y las prácticas laborales y sus consecuencias en el bienestar de los équidos a través de un estudio observacional (n = ocho instalaciones, 174 équidos). Las diferencias en las percepciones de los gerentes sobre las buenas prácticas de gestión estaban relacionadas con la participación de la instalación en EAI, por ejemplo, una mayor conciencia sobre las necesidades de los équidos (alojamiento y alimentación), especialmente cuando EAI era la actividad principal. Un estudio observacional detallado en ocho instalaciones adicionales confirmó esto. Los perfiles de gestión de las instalaciones se paralelizaron con los perfiles de bienestar de los équidos. Se encontraron correlaciones claras entre las decisiones de gestión y las consecuencias en el bienestar. Un factor principal que influye en el bienestar y las interacciones humano-equídeo parecía ser las modalidades de trabajo, con más instalaciones de EAI practicando trabajo en tierra y sin bocado. Las instalaciones donde los équidos estaban más involucrados en actividades mixtas tenían la mayor cantidad de équidos con bienestar comprometido. Dadas las particularidades de los clientes de EAI, las modalidades de trabajo convencionales son menos adaptadas y corren el riesgo de aumentar el malestar para los équidos. En general, los enfoques de encuesta y observacionales convergieron, pero aparecieron algunas discrepancias (elección del tipo de équido) entre la prevalencia reportada y observada.