El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad genética de cultivares y híbridos de ciruela europea en Lituania utilizando marcadores SSR. En total, se evaluaron 107 genotipos de ciruela (incluyendo 68 cultivares de ciruela europea y 39 híbridos) de la colección de recursos genéticos del Instituto de Horticultura del Centro de Investigación Lituano para la Agricultura y la Silvicultura (LRCAF IH) utilizando nueve marcadores de microsatélites (SSRs) previamente publicados y sugeridos por el Programa Cooperativo Europeo para Recursos Genéticos Vegetales (ECPGR). Se generaron hasta seis alelos por locus con cada par de cebadores para algunos genotipos debido a la hexaploidia de las ciruelas. El número de alelos en cada cebador varió de 18 a 30, con un promedio de 24.33. El mayor número de alelos se generó con el par de cebadores PacA33 (30). El cebador más informativo, según el valor PIC, fue BPPCT007. Se han detectado sesenta y dos alelos únicos (que representan el 39.5% de todos los alelos polimórficos) en el germoplasma de ciruela desarrollado en Lituania. Según el análisis de agrupamiento UPGMA, 58 genotipos de ciruela europea se separaron en ocho grupos sin relación con el color o la forma de la fruta. Mediante el análisis de diversidad genética (UPGMA) y estructura (Bayesiana), los híbridos de ciruela europea se agruparon en clústeres según su pedigrí.