Las bacterias multirresistentes como el (MRSA) causan infecciones que son difíciles de tratar a nivel mundial, incluso con los antibióticos disponibles actualmente. Por lo tanto, hay una necesidad urgente de buscar nuevos antibióticos para abordar este problema. Los endófitos son una fuente potencial de nuevos compuestos bioactivos; sin embargo, la explotación de nuevos compuestos farmacológicos de los endófitos es infinita. Por lo tanto, este estudio fue diseñado para identificar hongos endófitos con actividad antibacteriana contra bacterias multirresistentes. Utilizando la morfología fúngica y el ITS-rDNA, se aislaron hongos endófitos con actividades antibacterianas. Los resultados del análisis de secuencia de ITS rDNA mostraron que se identificaron un total de 124 cepas morfotípicas. Además, la riqueza de especies, el índice de Margalef, el índice de Shannon-Wiener y el índice de diversidad de Simpson mostraron que hay abundantes recursos de hongos endófitos. Además, los resultados de la difusión en agar mostraron que los extractos de acetato de etilo de los hongos endófitos mostraron actividades antibacterianas y bactericidas moderadas, contra el Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) SMU3194, con una CIM de 0.5-1 mg/mL y una CMB de 1-2 mg/mL. En resumen, contiene recursos de hongos endófitos que pueden ser utilizados farmacológicamente, especialmente como medicamentos antibacterianos.