Para comprender la distribución de la comunidad fúngica cultivable en los tejidos de plantas de tomate de cultivo natural, muestreamos plantas de siete cultivares diferentes de tomate y recuperamos 1742 aislados fúngicos de 1895 tejidos de tallo muestreados en tres sitios en Japón. En general, la frecuencia de aislamiento fue baja (3-13%) y las frecuencias de aislamiento y colonización no variaron significativamente en función del cultivar. Los hongos se dividieron en 29 unidades taxonómicas operativas (OTUs) únicas con una identidad de secuencia génica ITS del 97%, la mayoría de las cuales pertenecen a Ascomycota (99.3%). Los géneros dominantes de hongos endofíticos cultivables fueron (45.1%), (12.8%), (12.0%) y (6.8%). La diversidad alfa de los endofitos fúngicos varió entre los cultivares de tomate. El análisis de ordenación realizado para investigar los patrones de ensamblajes de la comunidad de endofitos en los diferentes cultivares reveló que los cultivares hospedadores tuvieron un impacto significativo en los ensamblajes de la comunidad de endofitos en todos los sitios de estudio. Algunos de los taxa y se encontraron en todos los cultivares, mientras que pocos estaban presentes de forma única en diferentes cultivares. Los taxa dominantes pueden estar adaptados a las condiciones microecológicas y fisiológicas particulares presentes en los tallos de tomate.