Además de una actividad de investigación difusa sobre el descubrimiento de medicamentos y la biodiversidad llevada a cabo en contextos naturales, más recientemente, las investigaciones sobre hongos endofíticos han comenzado a considerar su presencia en cultivos debido al importante papel que se ha reconocido que desempeñan estos microorganismos en la protección y promoción del crecimiento de las plantas. El cultivo de frutas está particularmente involucrado en esta nueva ola, debido a que el ciclo de cultivo plurianual probablemente implica un mayor impacto de estas interacciones simbióticas. Los aspectos relativos a la presencia y efectos de los hongos endofíticos asociados con las especies cítricas son revisados en el presente documento.