Aunque los hongos intestinales representan solo el 0.01-2% de la microbiota intestinal, desempeñan un papel crucial en el metabolismo de la nutrición y la salud intestinal. La composición de los hongos intestinales varía significativamente entre diferentes especies animales y regiones del intestino, y está influenciada por factores como la dieta, la edad y la fisiología del huésped. A pesar de su importancia, la investigación sobre las comunidades fúngicas (micobiota) en animales monogástricos sigue siendo limitada, particularmente en lo que respecta a la diversidad a nivel de especie y los mecanismos funcionales. Esta revisión destaca especies fúngicas clave, como y , y discute su distribución entre diferentes especies animales y regiones del intestino. Además, exploramos los factores que influyen en los hongos intestinales y describimos cómo impactan el metabolismo y la salud intestinal del huésped, incluyendo sus asociaciones con la enfermedad inflamatoria intestinal, la obesidad y la diarrea. Si bien tecnologías avanzadas como la metabolómica han comenzado a revelar funciones fúngicas, la mayoría de los estudios muestran correlaciones en lugar de relaciones causales. La investigación futura debería centrarse en dilucidar los mecanismos subyacentes al metabolismo fúngico y las interacciones inmunitarias para traducir estos hallazgos en estrategias terapéuticas dirigidas. Al cambiar la percepción de los hongos intestinales de residentes pasados por alto a posibles objetivos terapéuticos, este trabajo allana el camino para estrategias personalizadas que mejoren la salud intestinal animal y la gestión de enfermedades.