Las implicaciones funcionales de la organización tridimensional del genoma están siendo cada vez más reconocidas. Los enfoques de investigación Hi-C y HiChIP se encuentran entre las opciones más populares para investigar interacciones de cromatina a larga distancia. Hasta ahora se han publicado algunos protocolos metodológicos, sin embargo, su reproducibilidad y eficiencia pueden variar. Lo más importante es que la alta frecuencia de extremos colgantes puede afectar drásticamente el número de lecturas utilizables mapeadas a pares de interacciones válidas. Además, surgen más obstáculos debido a la compacidad de la cromatina de ciertos tipos celulares investigados, como las células T primarias, que debido a sus núcleos pequeños y compactos, presentan limitaciones para su uso en varios enfoques genómicos. Aquí optimizamos sistemáticamente todos los pasos principales del protocolo HiChIP en células T. Como resultado, redujimos el número de extremos colgantes a casi cero y aumentamos la proporción de pares de interacciones a larga distancia. Además, utilizando tres genotipos de ratón diferentes y múltiples réplicas biológicas, demostramos la alta reproducibilidad del protocolo optimizado. Aunque nuestro objetivo principal era optimizar HiChIP, también aplicamos con éxito los pasos optimizados a Hi-C, dada su significativa superposición de protocolo. En general, describimos la lógica detrás de cada paso de optimización, seguido por un protocolo detallado para experimentos tanto de HiChIP como de Hi-C.