Este estudio evaluó 29 líneas F1 y los 11 genotipos de chiles habaneros utilizados en el programa de mejoramiento genético desarrollado por el Centro de Investigación Científica de Yucatán, México. Se utilizó un diseño de bloques completos al azar con cuatro repeticiones. Se estudiaron ocho plantas de cada uno de los genotipos por bloque. Se empleó un total de 22 descriptores cualitativos y 18 cuantitativos establecidos en los manuales del Instituto Internacional de Recursos Fitogenéticos (IPGRI) y el Servicio Nacional de Inspección y Certificación de Semillas (SNICS). El análisis de correspondencia múltiple de los rasgos cualitativos explicó el 38.2% de la variabilidad total. El rasgo que más contribuyó a la variabilidad cualitativa identificada fue la presencia de antocianinas en el nudo. El análisis de componentes principales mostró que los dos primeros ejes explicaban el 85.1% de la variabilidad total y que el contenido de capsaicina y el grosor del pericarpio del fruto fueron los principales contribuyentes a la variación registrada. Con base en estos resultados, se seleccionaron cuatro híbridos F1 de chile habanero debido a sus rasgos prometedores para los diferentes mercados, es decir, alto potencial productivo y/o alta picantez. Estos rasgos se describen en la sección de Resultados.