La hibridación y la introgressión son mecanismos evolutivos complejos que pueden aumentar la diversidad de especies y llevar a la especiación, pero también pueden conducir a la extinción de especies. En este estudio, probamos la presencia y las consecuencias genéticas de la hibridación entre el raro y endémico de Ecuador van der Werff y el van der Werff de amplia distribución (Lauraceae). Fenotípicamente, algunos árboles son difíciles de identificar, y esperamos que algunos puedan ser en realidad híbridos crípticos. Así, desarrollamos microsatélites nucleares para evaluar la existencia de híbridos, así como los patrones de diversidad genética y estructura poblacional en poblaciones alopátricas y simpátricas. Los resultados revelaron altos niveles de diversidad genética, incluso en el raro, siendo generalmente significativamente más altos en poblaciones simpátricas que en poblaciones alopátricas. La asignación bayesiana de individuos en diferentes clases genéticas reveló un escenario complejo con diferentes generaciones de híbridos ocurriendo en todas las poblaciones simpátricas, pero también en las alopátricas. La ausencia de algunos híbridos de retrocruzamiento sugiere la existencia de flujo genético asimétrico, y que algunos híbridos podrían estar mejor adaptados que otros. La existencia de flujo genético interespecífico actual y pasado también explica el difuminado de los límites de especies en estas especies y podría estar relacionado con las altas tasas de especies encontradas en.