La heterorresistencia en MTB se refiere a la presencia de subpoblaciones distintas de bacterias con diferentes niveles de susceptibilidad a los antibióticos dentro de una población. La tuberculosis multidrogorresistente y la tuberculosis resistente a rifampicina son preocupaciones serias de salud global. En este estudio, nuestro objetivo fue determinar la prevalencia de heterorresistencia en MTB a partir de muestras de esputo de nuevos casos de TB utilizando ensayos de detección de mutaciones por PCR digital en gotas para los genes, que comúnmente se asocian con resistencia a la isoniazida y a la rifampicina, respectivamente. Encontramos que de 79 muestras, 9 (11.4%) presentaron mutaciones en los genes. La TB mono-resistente a INH, la TB mono-resistente a RIF y las muestras de TB-MDR constituyeron el 1.3%, 6.3% y 3.8% de los nuevos casos de TB, respectivamente. La heterorresistencia en los genes y ambos se encontró en el 2.5%, 5% y 2.5% de los casos totales, respectivamente. Nuestros resultados sugieren que estas mutaciones pueden haber surgido espontáneamente, ya que los pacientes aún no habían recibido medicamentos anti-TB. La ddPCR es una herramienta valiosa para la detección temprana y el manejo de la DR-TB, ya que puede detectar tanto cepas mutantes como de tipo salvaje en una población, lo que permite la detección de heterorresistencia y TB-MDR. En general, nuestros hallazgos destacan la importancia de la detección temprana y el manejo de la DR-TB para un control efectivo de la TB.