Los retrovirus endógenos humanos (HERVs) y los retrotransposones aparentes LTR de mamíferos (MaLRs) son restos de infecciones retrovirales antiguas que representan una gran fracción de nuestro genoma. La actividad transcripcional de HERV y MaLR está regulada en etapas de desarrollo, tejidos adultos y condiciones patológicas. En este trabajo, utilizamos un enfoque bioinformático basado en la secuenciación de ARN (RNA-seq) para estudiar la expresión y modulación de HERVs y MaLR en un escenario de activación de la respuesta inmune. Analizamos datos de transcriptoma de sujetos antes y después de la administración de una vacuna inactivada contra el ortohantavirus Hantaan, el agente causante de la fiebre hemorrágica coreana, para investigar la expresión de HERV y MaLR y la expresión diferencial en respuesta a la administración de la vacuna. Específicamente, describimos el transcriptoma de HERV en PBMCs e identificamos loci de HERV y MaLR expresados diferencialmente después de las 2ª, 3ª y 4ª administraciones de la vacuna inactivada. Encontramos que la expresión de 545 elementos de HERV y MaLR aumentó en respuesta a la vacuna y que la activación de varios loci individuales de HERV y MaLR es específica para cada administración de la vacuna y se correlaciona con diferentes genes y vías relacionadas con la inmunidad.