Los estudios de modelado filogeográfico y paleoclimático se han combinado para inferir el papel de las oscilaciones climáticas del Pleistoceno como impulsores de la estructura genética y distribución de los taxones mediterráneos. Para la culebra de látigo europea, estudios previos basados en modelado paleoclimático han mostrado una baja fiabilidad en el patrón de idoneidad climática pasada a través de la cuenca mediterránea central, que apenas se ajusta a la estructura genética de la especie. En este estudio, combinamos herramientas de modelado filogeográfico y paleoclimático para mejorar nuestra comprensión de la historia biogeográfica, extendiendo particularmente el muestreo y las inferencias filogeográficas a regiones previamente poco muestreadas. Los análisis filogeográficos recuperaron dos clados principales que divergieron al comienzo del Pleistoceno y se diversificaron de diferentes maneras a finales del Pleistoceno: el clado este (compuesto por tres subclados) y el clado oeste (sin más estructura). Los modelos paleoclimáticos destacaron el carácter templado, indicando contracciones de rango durante los últimos períodos interglaciares y el máximo glacial. Las expansiones de rango desde refugios climáticos ubicados al sur probablemente ocurrieron en los períodos de Bølling-Allerød y el Holoceno Medio, lo que está respaldado por señales de crecimiento demográfico en el clado oeste y el subclado Sureste-Norte. En general, este trabajo mejora nuestra comprensión de la biogeografía histórica, proporcionando más información sobre los procesos evolutivos que ocurrieron en el hotspot de la cuenca mediterránea.