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Herramientas de software de análisis MeSH mejoradas para animales de granja

Autores: Amorim, Sabrina T.; Tsuyuzaki, Koki; Nikaido, Itoshi; Morota, Gota

Idioma: Inglés

Editor: Göran Andersson

Año: 2022

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Acceso abierto

Artículo OA
2022

Herramientas de software de análisis MeSH mejoradas para animales de granja


Categoría

Ingeniería y Tecnología

Subcategoría

Ingeniería de Sistemas

Palabras clave

Anotaciones MeSH
Enriquecimiento funcional
Especies ganaderas
Bioconductor
RNA-seq
GWAS
Bovino
Porcino
Pollo
Reproducibilidad científica

Licencia

CC BY – Atribución

Consultas: 11

Citaciones: Biotecnología en cadenas agroindustriales


Descripción

Este estudio evalúa y actualiza las herramientas de análisis de enriquecimiento basadas en Medical Subject Headings (MeSH) para especies ganaderas, con el objetivo de mejorar la interpretación funcional de datos ómicos como GWAS y RNA-seq. Los autores comparan la cobertura de anotaciones MeSH antes y después de la transición al marco Bioconductor 3.14, que migra los datos de anotación desde paquetes locales hacia una infraestructura en la nube mediante AnnotationHub. Se cuantifica el incremento de genes anotados con términos MeSH en bovino, porcino y pollo, observándose aumentos sustanciales (hasta más del doble en bovino), lo que refleja la incorporación continua de evidencia publicada en literatura biomédica. Metodológicamente, el trabajo describe el nuevo flujo computacional para mapear identificadores MeSH–Entrez y ejecutar análisis de enriquecimiento de manera reproducible y eficiente, apoyado por caché local (BiocFileCache) y contenedores Docker. En conjunto, el artículo demuestra que la actualización de MeSH y su nueva infraestructura computacional fortalecen el poder analítico y la reproducibilidad de estudios de genética y genómica en animales de producción.

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