Herramientas de software de análisis MeSH mejoradas para animales de granja
Autores: Amorim, Sabrina T.; Tsuyuzaki, Koki; Nikaido, Itoshi; Morota, Gota
Idioma: Inglés
Editor: Göran Andersson
Año: 2022
Acceso abierto
Herramientas de software de análisis MeSH mejoradas para animales de granja
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Consultas: 11
Citaciones: Biotecnología en cadenas agroindustriales
Este estudio evalúa y actualiza las herramientas de análisis de enriquecimiento basadas en Medical Subject Headings (MeSH) para especies ganaderas, con el objetivo de mejorar la interpretación funcional de datos ómicos como GWAS y RNA-seq. Los autores comparan la cobertura de anotaciones MeSH antes y después de la transición al marco Bioconductor 3.14, que migra los datos de anotación desde paquetes locales hacia una infraestructura en la nube mediante AnnotationHub. Se cuantifica el incremento de genes anotados con términos MeSH en bovino, porcino y pollo, observándose aumentos sustanciales (hasta más del doble en bovino), lo que refleja la incorporación continua de evidencia publicada en literatura biomédica. Metodológicamente, el trabajo describe el nuevo flujo computacional para mapear identificadores MeSHEntrez y ejecutar análisis de enriquecimiento de manera reproducible y eficiente, apoyado por caché local (BiocFileCache) y contenedores Docker. En conjunto, el artículo demuestra que la actualización de MeSH y su nueva infraestructura computacional fortalecen el poder analítico y la reproducibilidad de estudios de genética y genómica en animales de producción.
Este estudio evalúa y actualiza las herramientas de análisis de enriquecimiento basadas en Medical Subject Headings (MeSH) para especies ganaderas, con el objetivo de mejorar la interpretación funcional de datos ómicos como GWAS y RNA-seq. Los autores comparan la cobertura de anotaciones MeSH antes y después de la transición al marco Bioconductor 3.14, que migra los datos de anotación desde paquetes locales hacia una infraestructura en la nube mediante AnnotationHub. Se cuantifica el incremento de genes anotados con términos MeSH en bovino, porcino y pollo, observándose aumentos sustanciales (hasta más del doble en bovino), lo que refleja la incorporación continua de evidencia publicada en literatura biomédica. Metodológicamente, el trabajo describe el nuevo flujo computacional para mapear identificadores MeSHEntrez y ejecutar análisis de enriquecimiento de manera reproducible y eficiente, apoyado por caché local (BiocFileCache) y contenedores Docker. En conjunto, el artículo demuestra que la actualización de MeSH y su nueva infraestructura computacional fortalecen el poder analítico y la reproducibilidad de estudios de genética y genómica en animales de producción.