Los microorganismos son capaces de influir en varios aspectos de la vida de los insectos, y esta afirmación está ganando cada vez más fuerza, ya que la investigación lo demuestra a diario. Al mismo tiempo, ahora hay disponibles nuevas tecnologías de secuenciación a un costo más bajo por base, y los procedimientos bioinformáticos se están volviendo más accesibles. Esto está provocando un gran esfuerzo en el estudio de la diversidad microbiana asociada a los insectos, y especialmente a las plagas de insectos de importancia económica. La importancia del microbioma ha sido ampliamente reconocida para una amplia gama de animales, y también para los insectos este tema está ganando una importancia considerable. Además de los asociados bacterianos, las comunidades fúngicas asociadas a los insectos también están ganando atención, especialmente aquellas que incluyen patógenos de plantas. El uso de herramientas de meta-ómica no se limita a la descripción del mundo microbiano, sino que también puede utilizarse en la bio-vigilancia, la evaluación de la seguridad alimentaria, o incluso para aportar novedades a la industria. Esta mini-revisión tiene como objetivo ofrecer una amplia visión de cómo las herramientas de meta-ómica están fomentando avances en la investigación sobre las interacciones entre insectos y microorganismos.