Este estudio tuvo como objetivo evaluar la calidad ambiental de las aguas superficiales del Sistema Lagunar de Maricá mediante parámetros fisicoquímicos, bioquímicos y microbiológicos. La influencia marina en el sistema se evidenció mediante los gradientes de salinidad y temperatura, donde el punto más distante, en la Laguna de Maricá, presentó las mayores concentraciones de proteínas, lípidos y carbono biopolimérico. Los biopolímeros, con predominio de lípidos, presentaron un patrón diferente al descrito en la literatura para sedimentos costeros. La concentración de coliformes termotolerantes caracterizó a la Laguna de Maricá y al Canal de Boqueirão como no aptos para el baño (60,0 y 66,3 células.mL-1, respectivamente). El bacterioplancton del sistema resultó ser predominantemente heterótrofo, consumidor de materia orgánica, con metabolismo fermentativo, desnitrificante y sulfato-reductor. No se detectó actividad de la enzima esterasa, a pesar de la presencia de metabolismo activo, medido por el sistema de transporte de electrones (promedio de 0,025 µgO2.h⁻¹.mL⁻¹). La biomasa bacteriana (autótrofa, heterótrofa y coliformes), la actividad respiratoria bacteriana y los parámetros de biopolímeros mostraron un patrón de degradación espacial en el Sistema Lagunar de Maricá, donde los puntos con menor renovación hídrica son los más afectados.