El estudio de la metilación del ácido desoxirribonucleico (ADN) ha permitido importantes avances en la comprensión de enfermedades genéticas relacionadas con el comportamiento celular anormal. Las herramientas de análisis de metilación del ADN se han vuelto especialmente relevantes en los últimos años. Sin embargo, estas herramientas tienen un alto costo computacional y algunas de ellas requieren la configuración de hardware y software específicos, lo que extiende el tiempo de investigación y diagnóstico. En trabajos anteriores, propusimos algunas herramientas para el análisis de metilación del ADN y una nueva herramienta, llamada HPG-DHunter, para la detección y visualización de Regiones con Metilación Diferencial (RMD). A pesar de que esta herramienta ofrece una interfaz amigable para el usuario, su instalación y mantenimiento requiere los conocimientos de tecnología de la información especificados anteriormente. En este documento, proponemos nuestra herramienta como una aplicación basada en la web, que permite a los investigadores biomédicos el uso de una poderosa herramienta para el análisis de metilación, incluso para aquellos no especializados en el manejo de Unidades de Procesamiento Gráfico (GPU) y su software relacionado. Los resultados de la evaluación del rendimiento muestran que esta versión basada en la web de la herramienta HPG-DHunter mejora el tiempo de respuesta ofrecido al usuario, también ofreciendo una interfaz mejorada y una mayor calidad de visualización, al tiempo que muestra la misma eficiencia en la identificación de RMD que la versión independiente.