Los elementos transponibles (ETs) son elementos de ADN móviles comunes presentes en casi todos los genomas. Dado que el movimiento de los ETs dentro de un genoma puede tener a veces consecuencias fenotípicas, se desea un informe preciso de las acciones de los ETs. Con este fin, desarrollamos TE-Locate, una herramienta computacional que utiliza lecturas de extremos emparejados para identificar las nuevas ubicaciones de los ETs conocidos. TE-Locate puede utilizar una base de datos de secuencias de ETs o ETs anotados dentro de la secuencia de referencia de interés. Esto hace que TE-Locate sea útil en la búsqueda de cualquier secuencia móvil, incluidas las copias de genes retrotranspuestas. Una preocupación importante es actuar en el nivel jerárquico correcto, evitando así la llamada incorrecta de una sola inserción como múltiples eventos de ETs con alta similitud de secuencia. Utilizamos el nivel de (super)familia, pero TE-Locate también puede usar cualquier otro nivel, hasta el elemento transponible individual. Como ejemplo de análisis con TE-Locate, utilizamos la población sueca en el proyecto de los 1,001 genomas de Arabidopsis y presentamos los conocimientos biológicos obtenidos de los nuevos ETs, induciendo la asociación entre diferentes superfamilias de ETs. El programa está disponible de forma gratuita, y la URL se proporciona al final del artículo.