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ARGEOS: Una nueva herramienta bioinformática para la búsqueda sistemática detallada en GEO y ArrayExpress

Autores: Gavrish, Gleb E.; Chistyakov, Dmitry V.; Sergeeva, Marina G.

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2021

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Acceso abierto

Artículo científico
2021

ARGEOS: Una nueva herramienta bioinformática para la búsqueda sistemática detallada en GEO y ArrayExpress


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Biología

Palabras clave

Datos de transcriptoma
Señalización intracelular
Problemas experimentales
Omnibus de Expresión Génica
ArrayExpress
Servicio ARGEOS

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 26

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
La reanálisis de datos de transcriptoma para estudiar la señalización intracelular o resolver otros problemas experimentales se está volviendo cada vez más popular. Los datos de expresión génica se archivan como conjuntos de datos de microarreglos o RNA-seq principalmente en dos bases de datos públicas: Gene Expression Omnibus (GEO) y ArrayExpress (AE). Estas bases de datos no estaban inicialmente destinadas a buscar conjuntos de datos de manera sistemática, lo que dificulta la realización de un estudio secundario. Por lo tanto, hemos creado el servicio ARGEOS, que tiene las siguientes ventajas que facilitan la búsqueda: (1) Los usuarios pueden enviar varias solicitudes simultáneamente que se supone que se utilizarán para búsquedas sistemáticas, y es posible corregir las solicitudes; (2) está disponible un análisis avanzado de la información sobre el conjunto de datos. El servicio recopila protocolos detallados, información sobre el número de conjuntos de datos, analiza la disponibilidad de datos en bruto y proporciona otra información de referencia. Todo esto contribuye tanto a un análisis rápido de datos con la búsqueda de los conjuntos de datos más relevantes como a la búsqueda sistemática con un análisis detallado de la información de los conjuntos de datos. La eficiencia del servicio se muestra en el ejemplo del análisis de datos de transcriptoma de células activadas (polarizadas). Hemos realizado una búsqueda sistemática de estudios sobre la polarización celular (cuando las células son expuestas a diferentes estímulos inmunes). La interfaz web de ARGEOS es fácil de usar y directa. Puede ser utilizada por una persona que no esté familiarizada con la búsqueda en bases de datos.

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